Den Kirchenraum erreicht man in der Regel durch einen kleinen Seiteneingang, der sich im Sockel des Turms befindet. Der Sockel zeigt das abgeschlagene Haupt des Kirchenpatrons „St. Johannes der Täufer“ sowie den Grundstein der Kirche. Es ergibt sich eine bemerkenswerte Parallele zu dem Eingangsraum der Kirche in Baumberg, wo die Grundlegung der Kirche mit der Sandsteinfigur des Kirchenpatrons „St. Dionysius“ am alten Kirchturm verbunden wird; der Märtyrer trägt hier als Enthaupteter seinen eigenen Kopf.
Der Eintritt in das Gotteshaus soll mit dem Bekenntnis zum dreifaltigen Gott beginnen. In einem dreiteiligen Fenster des kleinen Eingangsraumes wird mit dem bekannten Dreiecksymbol für den dreifaltigen Gott in einem farbigen Kreis, der an einen Regenbogen erinnert, dazu aufgerufen.
Das Fenster ist das erste Beispiel für die Fensterreihe dieser Kirche, die von Paul Weigmann gestaltet wurde, dem Glasmaler, dem auch die Fenster von „St. Gereon“, „St. Dionysius“ und „St. Ursula“ zu verdanken sind.
Bei der Öffnung der großen Eingangstür, die sich vor der Südseite an einem großen Vorplatz befindet, wird bei besonderen Anlässen der Blick frei in den weiten Innenraum der Kirche. Mit einem mächtigen Zeltdach, dessen Firstbalken durch viele sichtbare Sparren von rechts und links gestützt wird, vermittelt der Raum eine Empfindung von Schutz und Geborgenheit.
Die hohe, vollständig mit Ziegelwerk gestaltete Rückwand des Chores im Nordwesten wird nur unterbrochen durch jeweils drei Fenster rechts und links vom zentralen Altar. Die schmalen, rechteckigen Fenster an den leicht angewinkelten Seitenwänden des weit geöffneten Chorraums verjüngen sich zum Altar hin, so dass von weitem her der Eindruck von zwei Flügelschwingen entsteht, die den Altar umgeben und beschützen.
Ein blaues Wasserband an der unteren Seite verbindet die drei Fenster. Es ist wie ein Strom des Lebens, Sinnbild des Gottesgeistes, der mit dem Wasser die Natur erschaffen hat, die mit vielen kleinen Elementen aus dem Lebensstrom wie bei der langen Evolution hochsteigt und sich weiterentwickelt. Oft wird dieses blaue Wasserband mit dem nahegelegenen Rheinstrom gedanklich verglichen, der für die Orte an seinem Ufer mit seiner mal vernichtenden, mal lebensspendenden Natur Fluch und Leben bringen kann. In die schwarzdunkle Steinplatte des Altars, die auf dem ebenso dunklen Sockelfundament ruht, sind bei der Weihe Reliquien der 1978 seliggesprochenen Maria Katharina Kasper eingelassen; 2018 hat Papst Franziskus sie heiliggesprochen. Sie ist die Gründerin der Dernbacher Kongregation der „Armen Dienstmägde Jesu Christi“, deren Schwestern seit 1900 das damalige Krankenhaus betrieben und sich über Jahrzehnte in Monheim um Krankenambulanz und Altenpflege gekümmert haben. Eine zweite Reliquie erinnert an den japanischen Märtyrer Paul Miki und damit an die langjährige Partnerschaft des Kölner Erzbistums mit dem Bistum in Tokio.
Hinter dem Altar mit den Sitzen für die Messdiener ist in der Mitte der Priestersitz so angebracht, dass der Priester bei der Feier des Wortgottesdienstes und der Messe als „Vorsitzender“ der Gemeinde gut zu sehen ist. Der Tabernakel ist an der rechten Seite des Chorraums aufgestellt, und mit dem weit geöffneten Chorraum wird im Sinne der damals gerade verabschiedeten Liturgiereform der Mahlcharakter der Messfeier betont. Die Form des Altars mit dem Steinbock in der Mitte unter der Altar- platte zeigt nicht zuletzt den Opfercharakter an.
Die lebensspendende Bedeutung des Wassers hat Paul Weigmann mit dem ersten seiner drei großen Fenster weitergeführt. Auf der linken Seite des Chors erinnert die Darstellung der Taufe Jesus an den Kirchenpatron „Johannes der Täufer“ und an die Taufe als Beginn allen christlichen Lebens. Einen eigenen Taufbrunnen wie in St. Gereon und St. Dionysius gibt es in dieser Kirche nicht.
Auf der rechten Seite des Chorraums wird auf dem zweiten großen Fenster das Geheimnis der Menschwerdung Gottes dargestellt. Im oberen Teil des Fensters, das sich mit seiner Form der Neigung des Zeltdaches anpasst, erscheint, wie der
„Stern über der Krippe von Bethlehem“, ein Lichtsymbol, von dem aus sich Strahlen über das in zwei gleiche Hälften ge- teilte Fenster ergießen. Die Botschaft der „heiligen Nacht von Weihnachten“ wird sehr gegensätzlich von den Menschen aufgenommen. Im rechten Teil des Fensters erkennt man die Geburt Jesu aus dem Schoß der jungen Frau Maria. Sie hat mit ihrem nicht leichten „Ja-Wort“
„Ich bin die Magd des Herrn“ (Lk 1.28) die Menschwerdung Gottes eingeleitet.
Die eigentlich sehr menschliche Botschaft von der Geburt eines Kindes wird jedoch von Menschen auch abgelehnt oder falsch verstanden. In der linken Hälfte des Fensters erscheint im Vergleich zu der Gebärenden übergroß die mächtige, abweisende Figur des Herbergsbesitzers, der der Mutter und dem Kind keinen „Platz in der Herberge“ (Lk 2.7) gibt. Damit versinnbildlicht Paul Weigmann die bis heute zwiespältige Aufnahme und Ablehnung des Geheimnisses von Weihnachten, obwohl gerade dieses christliche Fest von vielen Menschen im Vergleich zu den anderen Hochfesten am intensivsten, aber oft eben nur sehr vordergründig verstanden und gefeiert wird.
„Er kam in sein Eigentum, aber die Seinen nahmen ihn nicht auf“ (Joh. 1.11).
In dem dritten großen Fenster, das an der Südseite, links neben der großen Tür, zu sehen ist, veranschaulicht der Künstler die zwei wichtigsten Ereignisse und Feste der christlichen Botschaft zusammen: Tod und Auferstehung Jesu – Karfreitag und Ostern. Der grausame Tod am Kreuz wird „nur“ mit dem geschändeten, sehr realistisch gemalten Körper angezeigt. Die blutrot leuchtende Dornenkrone steht für die entsetzliche Gewalttat, die dem Menschen Jesu angetan wurde. Die Hände sind hocherhoben, hingebend, flehend und auch anklagend: „Mein Gott, mein Gott, warum hast du mich verlassen“ (Mk 15.34).
Die Verbindung zur Auferstehung auf dem linken Fensterteil wird durch den Kreuzesbalken hergestellt. Die hoheitsvolle Gestalt erhebt sich über den Jüngern, und damit werden Auferstehung und Himmelfahrt Jesu Christi zusammengefügt. Die gelben Lichtzungen, die vom Körper des Auferstandenen ausgehen, verweisen schon auf das Pfingstereignis. Der von Jesus versprochene Heilige Geist erfüllt die Jünger und nimmt sie durch den Auferstehenden in dem Glauben an ihn und an die Auferstehung vom Tod mit empor.